Die Toolbox ist ein digitales Speichergerät, auf dem eine Datenbank an klassifizierten Informationen gespeichert ist. Sie lässt sich nur vom aktuellen S.H.I.E.L.D.-Direktor öffnen, dessen DNA sie analysiert.
Nachdem die HYDRA-Schläferagenten innerhalb S.H.I.E.L.D.s enttarnt worden waren, tauchte Nick Fury unter und übergab die Toolbox an Phil Coulson. Mithilfe von ihr könne Coulson den Geheimdienst wieder aufbauen, meinte Fury. Tatsächlich fand Coulson sogleich die Koordinaten einer geheimen Basis in Kanada in der Datenbank, die er als Hauptstützpunkt für das "neue S.H.I.E.L.D." einrichtete.
Dort versteckte er die Toolbox in seinem Schreibtisch. In der Datenbank fanden sich wertvolle Informationen, etwa über den Obelisk. Die Toolbox projeziert diese Datenbank als Hologramm in die Luft. Sie ist aus Vibranium hergestellt.